Novinky z oblasti - molekulární biologie

Ve druhé části naší série o real-time PCR probereme různé dostupné kvantifikační metody, tipy pro nastavení, design primeru a kontrolu kvality.

V tomto druhém příspěvku na téma epigenetiky se budeme zabývat metodami, které se používají ke studiu metylace DNA a RNA.

Zatímco obor genetiky se zabývá studiem genů a tím, jak mohou změny v sekvenci genomu vést ke vzniku dědičných a ireverzibilních fenotypů, epigenetika řeší, jakým způsobem dochází ke změnám fenotypu řízenou aktivací či deaktivací genů beze změny základního kódu. V tomto příspěvku popíšeme, co je epigenetika, a také vám nabídneme přehled různých typů možných epigenetických modifikací.

Výběr velikosti je poměrně nákladově efektivní část pracovního postupu sekvenování nové generace, která může mít obrovský dopad na výsledky pokusu a kvalitu dat. Rozumí se jím vyřazení velikostně nevyhovujících fragmentů nukleových kyselin z knihovny před aplikací na sekvenační platformě. Tím je zajištěno, že fragmenty obsažené v knihovně budou mít velikost v optimálním rozmezí pro konkrétní sekvenovací nástroj.

Vzhledem ke klesajícím cenám služeb sekvenování nové generace (NGS) a široké škále sad a nástrojů NGS, z nichž lze v dnešní době vybírat, se může zdát, že data NGS nebyla ještě nikdy dostupnější. Obdobně jako u většiny ostatních výzkumných pracovních postupů jde však o pouhou iluzi, že by bylo možno získat vysoce kvalitní data bez vysoce kvalitního výchozího materiálu. V tomto článku vám představíme některé osvědčené tipy na hodnocení kvality vzorků a manipulaci s nimi před přípravou knihovny NGS, abychom vám pomohli NGS provádět úspěšně.

Tento článek je první ze dvoudílné série. V části 1 si projdeme základy real-time PCR, včetně jeho výhod oproti end-point PCR, pracovní postupy, typické datové výstupy, výběr dostupných systémů fluorescenčního značení a výhody a nevýhody každého z nich. Část 2 pak bude zahrnovat různé dostupné kvantifikační metody, tipy pro nastavení, design primeru a kontrolu kvality.

Imunofluorescence (IF) je účinná metoda pro vizualizaci intracelulárních procesů, stavů a struktur. IF preparáty lze analyzovat různými mikroskopickými technikami (např. konfokální mikroskopií, epifluorescencí, TIRF, GSDIM) v závislosti na aplikaci nebo zájmech výzkumníka. Mezitím se IF stala nezbytnou pro velké množství výzkumných skupin, které mají přístup alespoň k jednoduchému fluorescenčnímu mikroskopu.

Transfekce DNA je hlavním nástrojem pro současné genetické, buněčné i molekulárně biologické studie. Pochopení základních mechanismů a různých parametrů ovlivňujících transfekci je zásadní pro optimální, reprodukovatelné a důvěryhodné výsledky. Dodržování těchto sedmi tipů vám navíc zajistí, že budou vaše výsledky spolehlivé.

Pokud se zabýváte či se chystáte zabývat genovou expresí, určitě jste již narazili na pojmy ‘sekvenování transkriptomu’ (RNA-seq) a ‘kvantitativní PCR’ (real-time PCR). Ačkoli se základní principy těchto dvou technik liší, obě mohou z jakéhokoliv typu vzorku poskytnout informace o množství (absolutním nebo relativním) izolovaného mRNA.

Alternativou k vývoji kolektivní imunity proti viru SARS-CoV-2 je vývoj vakcíny, která by lidi ochránila před rizikem vývoje závažných případů onemocnění.