| Problém | Možné řešení |
| Nízká nebo žádná fluorescence nebo vysoká hodnota Ct | • Pokud používáte sondu, může být nekompatibilní, špatně syntetizovaná nebo degradovaná. Zkuste použít různé sondy.
• Ověřte, že údaje o fluorescenci jsou shromažďovány ve správném kroku • Postupně prodlužujte dobu nasedání primerů • Postupně snižujte teplotu nasedání primerů • Postupně prodlužujte dobu elongace • Velikost amplikonu by neměla přesáhnout 250 bp • Zvyšte množství templátu • Ujistěte se, že vzorek templátu neobsahuje inhibitory • Znovu purifikujte templát nebo ho rozřeďte • Zkontrolujte, zda používáte správné barvivo kompatibilní s vaší qPCR platformou („ROX“ nebo „bez ROX“) • Navyšte počet PCR cyklů • Ujistěte se, že je přístroj správně nastaven pro váš experiment |
| Přítomnost fluorescenčního signálu v negativní kontrole (bez templátu) | • Pravděpodobně se jedná o problém kontaminace. Postupujte podle obecných pokynů, abyste kontaminaci zabránili. |
| Nespecifická amplifikace | • Postupně zvyšujte teplotu nasedání primerů.
• Dávejte pozor na dimery primerů. V případě potřeby upravte primery |