K-shlukování (K-klastrování)

kategorie: Biostatistika
vytvořeno: 15.7.2021

Co to je?

K-shlukování seskupuje vzorky, které jsou si navzájem nejpodobnější. Jeden shluk (nebo skupina) se tvoří kolem jednoho těžiště (tzv. centroidu); počet centroidů určuje uživatel.

 

Kdy se používá?

Tento test se provádí k profilování vzorků. Diktujete, kolik klastrů je vytvořeno.

 

K-shlukování: Příklad

Analyzujeme proteinový profil 1000 proteinů u 100 pacientek s rakovinou prsu pomocí mikročipu na bázi protilátek. Věříme, že existuje pět podtypů rakoviny prsu založených na buněčných fenotypech. Chceme zjistit, zda pacienti spadají do jejich diagnostikovaného podtypu.

1. Exprese je pro každý protein u 8 pacientů centrována a poté „škálována“ s přihlédnutím k průměrné a standardní odchylce exprese (obrázek 1).

2. Zadáme do softwaru, že chceme 5 podtypů. Software vybere na grafu pět bodů zvaných centroidy (obrázek 2).

3. Vypočítá se euklidovská vzdálenost nebo nejbližší vzdálenost mezi těžištěm a daty vzorku. Četné iterace jsou prováděny za účelem nalezení optimální polohy centroidu a seskupení (grouping).

4. Vzorky jsou seskupeny do 5 finálních skupin (obrázek 3). Toto jsou data, o která se zajímáme.

 

Obrázek 1: Příklad centrování a škálování dat. A) Úroveň exprese proteinu „X“ ve dvou souborech dat je B) centrována na střed a C) škálována, takže všechny soubory dat mají průměr 0 a standardní odchylku 1.

 

Obrázek 2: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v první iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Obrázek 3: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v poslední (optimální) iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Jak vypadají data?

Výsledky K-shlukování mohou být zobrazeny ve formě 2D grafu, jako je na obrázku 3, a/nebo jako tabulka se seznamem shluků (klastrů) a vzorků přiřazených ke každému shluku.

 

(Převzato ze zahraničního zdroje, redakčně upraveno.)

Prezentace produktů společnosti Akoya

Prezentace produktů společnosti Akoya

Srdečně Vás zveme na květnovou prezentaci produktů pro multiplexovou imunofluorescenci a prostorovou fenotypizaci buněk společnosti Akoya. Představení proběhne 10.5. v Praze a 11.5. v Brně.

více informací
100 markerů na jednom řezu? – Ultrahiplex mIF od společnosti Akoya

100 markerů na jednom řezu? – Ultrahiplex mIF od společnosti Akoya

Nejen těm, kteří se zajímají o fenotypizaci buněk, ale také těm, kteří se zabývají IHC a IF, přinášíme nové produkty a přístroje od společnosti Akoya.

více informací
Snížení autofluorescence tkáně a významné zvýšení podílu signálu k šumu – Vector Laboratories

Snížení autofluorescence tkáně a významné zvýšení podílu signálu k šumu – Vector Laboratories

Imunofluorescence (IF) je jednoduchá, nicméně účinná metoda k vizualizaci exprese proteinů v tkáních či buňkách pomocí protilátek konjugovaných s fluoroforem. Tato technika však vyžaduje optimalizaci a důkladné pochopení, abychom dosáhli rovnováhy mezi pěknou strukturou zabarvení a šumem pozadí. Není nic horšího, než když po potenciálně celodenním barvicím protokolu, jemuž předcházela obšírná preparace tkáně, experimentální příprava apod., nahlédnete do mikroskopu a v něm vidíte pouze šum pozadí či nespecifické zabarvení. Tento článek si klade za cíl být průvodcem při rozpoznání problému s autofluorescencí, představit některé její potenciální příčiny a poučit o technikách, jimiž lze autofluorescenci potlačit či eliminovat tak, abyste dosáhli krásného a vysoce kvalitního fluorescenčního barvení. (Tento článek může obsahovat prvky reklamy dle definice zákona č. 40/1995 Sb.)

více informací