K-shlukování (K-klastrování)

kategorie: Biostatistika
vytvořeno: 15.7.2021

Co to je?

K-shlukování seskupuje vzorky, které jsou si navzájem nejpodobnější. Jeden shluk (nebo skupina) se tvoří kolem jednoho těžiště (tzv. centroidu); počet centroidů určuje uživatel.

 

Kdy se používá?

Tento test se provádí k profilování vzorků. Diktujete, kolik klastrů je vytvořeno.

 

K-shlukování: Příklad

Analyzujeme proteinový profil 1000 proteinů u 100 pacientek s rakovinou prsu pomocí mikročipu na bázi protilátek. Věříme, že existuje pět podtypů rakoviny prsu založených na buněčných fenotypech. Chceme zjistit, zda pacienti spadají do jejich diagnostikovaného podtypu.

1. Exprese je pro každý protein u 8 pacientů centrována a poté „škálována“ s přihlédnutím k průměrné a standardní odchylce exprese (obrázek 1).

2. Zadáme do softwaru, že chceme 5 podtypů. Software vybere na grafu pět bodů zvaných centroidy (obrázek 2).

3. Vypočítá se euklidovská vzdálenost nebo nejbližší vzdálenost mezi těžištěm a daty vzorku. Četné iterace jsou prováděny za účelem nalezení optimální polohy centroidu a seskupení (grouping).

4. Vzorky jsou seskupeny do 5 finálních skupin (obrázek 3). Toto jsou data, o která se zajímáme.

 

Obrázek 1: Příklad centrování a škálování dat. A) Úroveň exprese proteinu „X“ ve dvou souborech dat je B) centrována na střed a C) škálována, takže všechny soubory dat mají průměr 0 a standardní odchylku 1.

 

Obrázek 2: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v první iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Obrázek 3: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v poslední (optimální) iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Jak vypadají data?

Výsledky K-shlukování mohou být zobrazeny ve formě 2D grafu, jako je na obrázku 3, a/nebo jako tabulka se seznamem shluků (klastrů) a vzorků přiřazených ke každému shluku.

 

(Zdroj originálního článku: RayBiotech. Redakčně upraveno.)

Speciální akce na vybrané produkty společnosti Ray Biotech

Speciální akce na vybrané produkty společnosti Ray Biotech

Pokud u nás zakoupíte tři ELISA kity od společnosti Ray Biotech a použijete v objednávce slevový kód, třetí kit budete mít zdarma!

více informací
kategorie: imunologie
Protilátka měsíce – CD20 (klon L26) – myší monoklonální protilátka

Protilátka měsíce – CD20 (klon L26) – myší monoklonální protilátka

Antigen CD20 je neglykosylovaný fosfoprotein, který je exprimován na normálních a maligních lidských B buňkách a předpokládá se, že působí jako receptor během aktivace a diferenciace B buněk. Spolu s CD79a je CD20 jedním z nejdůležitějších markerů pro identifikaci novotvarů z B-buněk. Např. je CD20 exprimován ve velké většině případů B-buněčné leukémie/lymfomu.

více informací
Úvod do dekalcifikace

Úvod do dekalcifikace

Dekalcifikace popisuje techniku ​​odstraňování minerálů z kosti nebo jiné kalcifikované tkáně, aby bylo možné připravit kvalitní parafínové řezy, které si zachovávají všechny základní mikroskopické prvky. Dekalcifikace se provádí po důkladném zafixování vzorku a před rutinním zpracováním do parafínu. V tomto článku je popsána základní struktura kosti a jsou uvedeny technické možnosti pro přípravu řezů. Je zde diskutován postup pro dekalcifikaci a úspěšné monitorování procesu, a jsou také uvedeny některé oblíbené možnosti ve výběru reagencií.

více informací