K-shlukování (K-klastrování)

kategorie: Biostatistika
vytvořeno: 15.7.2021

Co to je?

K-shlukování seskupuje vzorky, které jsou si navzájem nejpodobnější. Jeden shluk (nebo skupina) se tvoří kolem jednoho těžiště (tzv. centroidu); počet centroidů určuje uživatel.

 

Kdy se používá?

Tento test se provádí k profilování vzorků. Diktujete, kolik klastrů je vytvořeno.

 

K-shlukování: Příklad

Analyzujeme proteinový profil 1000 proteinů u 100 pacientek s rakovinou prsu pomocí mikročipu na bázi protilátek. Věříme, že existuje pět podtypů rakoviny prsu založených na buněčných fenotypech. Chceme zjistit, zda pacienti spadají do jejich diagnostikovaného podtypu.

1. Exprese je pro každý protein u 8 pacientů centrována a poté „škálována“ s přihlédnutím k průměrné a standardní odchylce exprese (obrázek 1).

2. Zadáme do softwaru, že chceme 5 podtypů. Software vybere na grafu pět bodů zvaných centroidy (obrázek 2).

3. Vypočítá se euklidovská vzdálenost nebo nejbližší vzdálenost mezi těžištěm a daty vzorku. Četné iterace jsou prováděny za účelem nalezení optimální polohy centroidu a seskupení (grouping).

4. Vzorky jsou seskupeny do 5 finálních skupin (obrázek 3). Toto jsou data, o která se zajímáme.

 

Obrázek 1: Příklad centrování a škálování dat. A) Úroveň exprese proteinu „X“ ve dvou souborech dat je B) centrována na střed a C) škálována, takže všechny soubory dat mají průměr 0 a standardní odchylku 1.

 

Obrázek 2: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v první iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Obrázek 3: 2D graf představující data „redukované dimenze“ a shluky přiřazené v poslední (optimální) iteraci. Každý bod představuje data redukované dimenze od jednoho pacienta.

 

Jak vypadají data?

Výsledky K-shlukování mohou být zobrazeny ve formě 2D grafu, jako je na obrázku 3, a/nebo jako tabulka se seznamem shluků (klastrů) a vzorků přiřazených ke každému shluku.

 

(Převzato ze zahraničního zdroje, redakčně upraveno.)

Incucyte® – Využijte analýzu živých buněk uvnitř vašeho inkubátoru

Incucyte® – Využijte analýzu živých buněk uvnitř vašeho inkubátoru

Seznamte se s platformou Incucyte společnosti Sartorius a zjistěte, ve které variantě by byl nejvhodnější pro Vaši laboratoř!

více informací
Workshop a prezentace přístrojů Sartorius – Praha a Hradec Králové

Workshop a prezentace přístrojů Sartorius – Praha a Hradec Králové

Srdečně Vás zveme na workshop a prezentaci Sartorius Octet N1 v pondělí 7.11.2022 v Hradci Králové a workshop a prezentaci Incucyte a Octet ve středu 9.11.2022 v Praze.

více informací
Představujeme Corning® Lambda™ EliteMax, poloautomatický stolní pipetor

Představujeme Corning® Lambda™ EliteMax, poloautomatický stolní pipetor

Stolní pipetor Corning Lambda EliteMax Benchtop Pipettor je poloautomatický, cenově dostupný a snadno použitelný manipulátor kapalin pro laboratorní stoly, které jsou omezené na prostor, ale vyžadují výkon a schopnost provádět vysokokapacitní screeningy pro velké objemy testů. Více se dočtete v následujícím textu.

více informací