Jak si vybrat dokumentační systém

Jak si vybrat dokumentační systém, který vyhovuje vašim potřebám

Dokumentační systém není ve skutečnosti ničím jiným než malou temnou komorou a přidruženým fotoaparátem. Dnes existuje mnoho variant přístrojů pro dokumentaci gelů i membrán, které splní téměř jakýkoli požadavek. Moderní dokumentační systémy mohou být poloautomatické až plně automatizované, s multifunkčními kryty, počítačově řízenými excitačními a detekčními systémy a analytickým softwarem. Tato zařízení zvládnou nejen DNA a proteinové gely, ale také chemiluminiscenční Western bloty, fluorescenci a dokonce autoradiografii. Co je tedy důležité vzít v úvahu při výběru dokumentačního systému?

Potřeby vaší laboratoře

První otázka, kterou je třeba si položit, je „co moje laboratoř potřebuje“, neboli jaké základní požadavky máte na dokumentační systém?

• Postačí Vám analýza DNA a proteinových gelů?

• Nebo hledáte univerzální zobrazovací systém, který bude vyhovovat všem vašim výzkumným potřebám?

• Budete zobrazovat pomocí fluorescence, chemiluminiscence nebo autoradiografie?

• Potřebujete vícekanálové zobrazovací schopnosti?

• Jak velké gely/membrány/objekty budete muset zobrazit?

Pokud si vystačíte „pouze“ se zobrazováním DNA a bílkovinných gelů, bude fungovat téměř každý systém a vaše volba bude z velké části záviset na vašich finančních možnostech. V případě komplexnějších požadavků budete muset vybírat mezi vyššími třídami přístroje. Chemiluminiscence například vyžaduje chlazené CCD kamery, které jsou podstatně nákladnější než kamery obvykle dodávané se systémy gelové dokumentace.

Osvětlení

Osvětlení patří mezi základní požadavky. DNA a proteinové gely mají relativně jednoduché požadavky na osvětlení. Pro DNA gely obarvené ethidiumbromidem nebo zelenou SYBR budete potřebovat UV transiluminátor. U proteinových gelů obarvených Coomassie budete využívat transiluminaci bílým světlem. Možná budete také chtít osvětlení bílým (epi) světlem (tj. osvětlení svrchu) pro zobrazování například bakteriálních misek. Další možností je detekce prostřednictvím chemiluminiscence. Jestliže potřebujete vyřezávat z gelů jednotlivé proužky DNA, vyhledejte systém, kde lze transiluminátor vysunout, aby byl zajištěn snadný přístup ke gelu.

Kamera a rozlišení

Klíčem k fungování systému je kvalitní kamera a objektiv, které se používají k zachycení snímků. Většina dokumentačních systémů má kamery s rozlišením mezi 0,5 a 8 megapixely, přičemž cokoli s hodnotou nižší než 2MP je považováno za „základní verzi“. Čím vyšší je rozlišení kamery, tím jemnější detaily na vašich snímcích uvidíte, což usnadní rozlišení blízkých pruhů na vašem gelu nebo membráně. Nejde však jen o rozlišení.

Ukazatele výkonu, jako je dynamický rozsah a citlivost, jsou ovlivněny řadou dalších faktorů. Široký dynamický rozsah umožňuje současné zachycení slabě i silně zbarvených pruhů na jedné membráně/gelu. Pokud jsou nejsilnější pruhy přesvícené, nebudete schopni kvantifikovat data, proto se ujistěte, že vyberete zobrazovací systém s dobrým dynamickým rozsahem.

Dále je třeba zvážit objektiv.

•  Je pevný nebo může být přiblížen?

• Jaké je maximální zvětšení?

• Jedná se o optický zoom (objektiv se skutečně pohybuje) nebo digitální (jako u fotoaparátu mobilního telefonu)?

• Je objektiv ovládán prostřednictvím počítače nebo manuálně?

Nakonec, v závislosti na vašich potřebách, je vhodné zvážit, kolik různých filtrů můžete před kameru umístit.

Software

• Chcete, aby váš dokumentační systém jednoduše získával obrázky, nebo též vyžadujete analýzu?

• Jaké typy analýz od systému vyžadujete?

• Chcete, aby software fungoval na samotném zařízení nebo v počítači? (Většina pracovníků raději zpracovává data na svém vlastním počítači.)

• Bude každý člen laboratoře potřebovat vlastní kopii analytického softwaru?

Mezi důležité otázky patří, kolik softwarových licencí dostanete s dokumentačním systémem (a/nebo jak nákladné jsou další licence). Jak často je software aktualizován a jak dlouho budete získávat bezplatné aktualizace.

Jednoduchost použití

Některé dokumentační systémy se používají snadno, jiné nikoli. Rozdíl se nejčastěji týká automatizace. Kolik nastavení je třeba upravit při každém pořízení snímku?

Plně automatizované systémy budou samozřejmě dražší, ale tak intuitivní, že je můžete jednoduše okamžitě použít. Některé systémy automaticky rozpoznávají a použijí správná nastavení pro jednotlivé aplikace. Automatizace zvyšuje vaši efektivitu a vyžaduje také méně školení. Díky ní bude moci systém používat větší množství uživatelů.

Pokud například nyní chemiluminiscenci nebo fluorescenci nepotřebujete, ale předpokládáte, že tyto schopnosti budete potřebovat v příštích několika letech, můžete upgradovat stávající systém nebo budete muset zakoupit zcela nový systém?

Kvalita a formát výstupu

• Získám obrázek v kvalitě publikace?

• Může software exportovat obrázek s vysokým rozlišením (obvykle 300 dpi nebo lepší) automaticky, nebo k tomu budete muset použít další software (například Adobe Photoshop)?

Další

Při nákupu dokumentačního systému samozřejmě existují i jiné aspekty, jako je přístup k datům, fyzická velikost, záruka atd

Zajímá vás chemiluminiscenční dokumentační zařízení Uvitec Alliance Q9 Advanced?

Zdroje:

The Scientist: Buyer’s Guide to Gel Documentation Systems

Syngene: Whether you are looking to move out of the darkroom and invest in your first digital imaging system/Western blot imager or if you are looking to replace an old system, it is important to purchase the right equipment that will adapt with your research.

proteinsiple: 5 Things to Consider When Purchasing a Western Blot and Gel Imaging Systém

Nebiogoup: Gel Documentation Systems – How to choose a system that fits your needs

Biocompare: Gel Documentation Systems: How to Choose the One for You